Cada uno de las crujías las conforman cuatro tramos que abren al patio central mediante dobles vanos que cierran en arcos de medio punto sustentados por columnas toscanas de alabastro (la mayor parte de ellas repuestas en la restauración) que en los extremos se adosan al muro y que se apoyan en un antepecho de escasa altura.
Estos arcos, sobre los que aparece un óculo, se inscriben en otro mayor también de medio punto, formando una composición típica de la arquitectura aragonesa del siglo XVI. En las esquinas de dos de los lados, este doble vano se alarga hasta el suelo, apeando la columna en una sencilla base central, permitiendo de esta manera el acceso al patio central.
Los tramos del claustro se cubren con bóvedas de crucería sencilla con nervios moldurados al estilo de la época que apoyan en sencillas ménsulas. Las claves circulares son lisas. Todo el conjunto es de una enorme sencillez y sobriedad, sin ningún tipo de elemento decorativo.
De lo que fueron dependencias anexas al claustro nada resta excepto una pequeña capilla y la sacristía dieciochesca. El resto de espacios estaban tan desvirtuados que ha sido imposible recuperarlos por lo que se han habilitado las estancias para diversos usos culturales y lúdicos.
En la crujía noreste del claustro se sitúa una pequeña capilla u oratorio conocida como Capilla de la Virgen, de planta rectangular con cubierta adintelada, en la que llama poderosamente la atención la total ausencia de decoración arquitectónica y escultórica. Esta carencia se suple a base de pinturas murales que cubren toda la superficie, opción adoptada seguramente por ser más económica que las anteriores.
En el muro principal abren dos hornacinas y la decoración mural es a base de simulación de falsas arquitecturas en forma de pilastras, frontones partidos y veneras que enmarcan las hornacinas y las decoran interiormente. Es de suponer que en el centro se ubicase una tercera hornacina, donde ahora lo hace la ventana, que cobijaría la imagen titular de la capilla.
Por último, la galería superior del claustro sigue la misma línea de austeridad que la inferior, desprovista de cualquier tipo de articulación mural o elemento escultórico. Lo único que rompe ligeramente la monotonía del espacio, son los dos pequeños poyos que flanquean cada una de las cuatro ventanas rectangulares que dan luz a las cuatro alas. Se cubre con bóvedas de revoltón y vigas a la vista. A tres de estas alas se abrían en origen las pequeñas celdas de los monjes. Actualmente lo hacen modernas dependencias.
